Ingénierie-inspiration pour la modélisation de la dynamique fonctionnelle des protéines

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Rattachement
Laboratoire Ampère
Description

Le travail de thèse proposé est un développement méthodologique pour l’étude de la conception de systèmes dynamiques durables avec comme objets de travail les protéines. Les systèmes naturels comme les protéines, existent depuis plus de trois milliards d’années, ils sont donc conçus
pour durer et nous proposons ici d’étudier cette conception durable pour pouvoir la reproduire ultérieurement dans la re-conception de systèmes urbains durables. La durabilité fait référence à la capacité d’un système naturel à faire face à des perturbations internes (mutations) et externes
(conditions environnementales) au système.

Défis et Objectifs
Aujourd’hui, la relation structure-dynamique sur lequel repose la fonction des protéines reste encore difficile à étudier du fait de limitations expérimentales et numériques pour mesurer la dynamique. Pour contourner ces difficultés, nous proposons dans le cadre de cette thèse d’innover en appliquant le langage « bond graph » utilisé en ingénierie, à l’étude de la dynamique des protéines. L’objectif est de comprendre l’encodage des mouvements dans la structure des protéines et d’en inférer les clés de la conception d’un système spatial dynamique durable pour deux applications, une en santé et une en environnement pour la conception de villes durables bio-inspirées (biomimétisme urbain).